Os documentos/ficheiros em formato pdf nunca foram de fácil alteração, por isso, nem com o adobe se torna fácil alterar as cores/formatos/tipos de letra. Assim, quando preciso de identificar, opto por usar a marcação manual em papel em detrimento da marcação no computador, seja qual for o programa, nunca encontrei nenhum que seja rápido, fácil e eficaz.
Note-se que uso desde a versão oficial da adobe até inúmeros utilitários em linux e nenhum, em termos de manipulação, é rápido o suficiente para fazer este tipo de alterações.
Se existir algum também gostava de saber eu uso, para windows Adobe Acrobat 9.
Para linux:
Adobe, xpdf, okular, evince, foxit reader(deixei de usar), GNU GV, MUPDF, QPDFVIEW (apenas visualização). E os comandos internos de conversão e ferramentas para linux... ocrmypdf, imagick, gscan2pdf, GD, convert ... e, de certeza, estou a esquecer-me de alguma ferramenta para os pdfs