Teoricamente este circuito iria gerar uma onda quadrada ( dutty cycle 50% ), mas o que estou a obter é uma onda em que o tempo a "high" é maior que o "low". O condensador é eletrolítico de 1uF, 50V, pelo que a sua resistência de fugas pode não ser desprezável... será por causa disso que a onda não sai verdadeiramente quadrada?

Quando se pretende valores mais precisos tem de se ter em conta as correntes de entrada , tensões das saídas, etc.

Assim é preferível usar um circuito diferente como o exemplo.
Assim pode ajustar como desejar.

Faltou dizer que o circuito em que o LED é ligado mediante o transistor, o dutty-cycle "melhora", mas continua claramente a não ser 50%...