No que diz respeito ao alternador julgo que não terá problema pois o sistema de carga protege quer o alternador quer a bateria.
O problema coloca-se se o seu sistema coloca as baterias em paralelo directamente quando estão a carregar.
Pense se por exemplo tem uma das baterias carregada e outra descarregada.
Quando as coloca a carregar em paralelo o que vai acontecer é que ,para alem da carga do alternador , a bateria carregada vai carregar a descaregada.
Isto ,se não tiver qualquer outro proceso de controlo vai descarregar a bateria mais carregada sobre a descaregada.
Como esssas baterias tem capacidades elevadas as correntes podem ser muito elevadas e como tal ter problemas quer das baterias quer das outras partes electricas.
Por outro lado como as barterias são de capacidades diferentes e mesmo que as tensões fossem exactamente iguais o facto é que a de maior capacidade vai sobrepor o seu estado de carga .
Ao fim de certo tempo a bateria de menor capacidade ficará carregada .
Mas o sistema de carga vai pensar que o conjunto das duas baterias ainda não está e vai continuar a fornecer a carga máxima que for possivel.
Isto pode sobrecarregar a bateria de menor capacidade .
Tendo em mente o dito atrás pode ver este pdf que lhe indica como pode tentar compensar alguns desses efeitos.
http://rds.yahoo.com/_ylt=A0oGkyI9lN5IgRQAPaxXNyoA;_ylu=X3oDMTByZ3RtN3J1BHNlYwNzcgRwb3MDMgRjb2xvA3NrMQR2dGlkAw--/SIG=14eb7n2dp/EXP=1222632893/**http%3a//batterytender.com/includes/languages/english/resources/
Connecting_Batteries_and_Chargers_in_Series_and_Parallel.pdf